La Junta de Compensación Parque de Valdebebas mantiene la certificación de gestión medioambiental conforme al Reglamento Europeo EMAS III. Se mantiene inscrita en el registro de organizaciones adheridas al sistema comunitario de Gestión y Auditoría Medioambientales (EMAS) de la Consejería de Medio Ambiente y Ordenación del Territorio de la Comunidad de Madrid, que acredita que sus actividades se realizan de manera respetuosa con el medio ambiente.
El organismo de certificación encargado de corroborar la eficacia del sistema de gestión ambiental implantado en diseño, gestión y construcción, tanto en las obras de urbanización como en las oficinas centrales del ámbito urbanístico, ha sido la Asociación Española de Normalización y Certificación (AENOR).
La aplicación del Reglamento garantiza un absoluto cumplimiento de la legislación vigente, avanzando hacia compromisos que favorecen la competitividad empresarial y fomentan la innovación y la mejora continua. Este reconocimiento marca un hito en la historia de las certificaciones de sistemas de gestión ambiental, al ser la Primera Junta de Compensación de España en obtener esta certificación ambiental conforme al EMAS.